為什么要研究新生RNA？
PRO-seq、TT-seq與常規RNA-seq的區別
傳統RNA-seq反映穩態RNA水平，而新生RNA測序精準揭示即時轉錄動態。在新生RNA研究技術中，TT-Seq (Transient Transcriptome Sequencing)與PRO-seq (Precision Run-On Sequencing) 是目前最具代表性的兩類前沿方法。
TT-seq
TT?seq 即瞬時轉錄組測序，是一種基于代謝標記的新生RNA測序技術。TT-Seq通過在細胞中加入核苷類似物4?硫尿苷 (4sU)，在短時間段內代謝標記新生RNA的多個U位點，隨后富集含標記的片段進行測序。與傳統RNA-seq主要反映穩態RNA水平不同，TT-seq能更精準地揭示即時的轉錄動態，具有高時效性、高靈敏度的特點。
應用場景
(1) 捕捉分鐘級轉錄動態變化
TT-Seq能夠精準捕捉轉錄動態響應，尤其適用于研究信號通路激活、藥物刺激等快速轉錄事件。
(2) 檢測編碼及非編碼新生RNA表達水平
能夠檢測合成中的編碼RNA及非編碼RNA，提供全基因組轉錄活性全景視圖。
(3) 解析藥物作用及轉錄調控機制
檢測藥物刺激的瞬時轉錄變化，解析藥物作用機制。
(4) 研究雙向轉錄事件
可直接檢測轉錄方向，用于研究啟動子及調控元件參與的雙向轉錄和發散性轉錄分子機制。
PRO-seq
PRO?seq能夠以單堿基分辨率精準捕獲細胞或冰凍組織中正在進行的轉錄事件，通過一步體外延伸與富集直接定位轉錄機器在基因組上的即時分布。在分鐘級時間尺度上即可準確記錄基因對環境或藥物刺激的最早反應，彌補了傳統 RNA-seq和ChIP-seq 難以檢測即時轉錄變化且分辨率不足的局限。PRO-seq 具有高分辨率、高靈敏度和高時效性的特點。
應用場景
(1) 檢測低豐度轉錄本的轉錄動態
該方法靈敏度高，可檢測eRNA、短暫停基因等低豐度轉錄本，可用于微生物等復雜樣本的新生轉錄本鑒定。
(2) 以高分辨率檢測轉錄暫停、延伸、終止事件
PRO-seq轉錄延伸時僅能摻入一個生物素標記核苷酸，從而真實記錄轉錄復合物分布并反映轉錄暫停、延伸等動態。
(3) 解析轉錄調控機制
進行轉錄動態調控機制研究，挖掘調控網絡中的關鍵新生轉錄本。
(4) 研究染色質修飾的轉錄調控作用
PRO-seq可與染色質修飾圖譜 (如H3K27me3) 結合，解析染色質狀態對轉錄調控的作用機制。
百力格生物推出TT-seq與PRO-seq新生RNA建庫試劑盒，致力于解決基因表達動態研究中的關鍵技術難點。該試劑盒基于優化的捕獲與建庫技術體系，可實現對新生RNA的高效、高靈敏度檢測，為基因表達調控、疾病機制與藥物靶點發現等前沿研究提供了實時動力學分析工具和一站式解決方案。
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產品特點
1. 捕獲及建庫全流程整合
試劑盒整合了新生RNA捕獲、文庫構建的所有試劑及流程，無需單獨準備捕獲組分及文庫接頭。同時簡化了建庫流程，大幅縮短建庫時間。
2. 檢測信噪比及靈敏度高
全面覆蓋高/低豐度轉錄本和長/短壽命RNA，背景噪音低，在檢測低豐度轉錄本 (如eRNA、短暫停基因) 時具有更高靈敏度。
3. 構建文庫質量高
高效的酶反應體系，文庫得率高、質量佳，測序覆蓋度均勻，且數據拆分率高。
PRO-seq 文庫的質檢結果
TT-seq和PRO-seq該如何選用？TT-seq適用于研究轉錄速率以及新生RNA的整體水平，更關注轉錄產量和動態變化；PRO-seq則更側重RNA 聚合酶在基因組上的定位，反映轉錄動態和即時轉錄活性，可以更細致地觀察轉錄速度及轉錄過程中的各個階段。
TT-seq | PRO-seq | |
研究對象 | 新生RNA整體豐度與轉錄速率 | RNA聚合酶精準定位與轉錄動力學 |
分辨率 | 高 | 極高 (單堿基精度) |
樣本要求 | 活細胞 | 活細胞，新鮮組織或冰凍組織 |
應用 | 檢測RNA動態，藥物刺激響應、基因表達動力學 | 檢測瞬時轉錄狀態，如啟動子活性、暫停機制、Pol II動力學 |
在實際研究中，兩種方法也可以聯合使用：TT-seq展現新生RNA表達的全局變化，PRO-seq提供轉錄過程和調控階段的精細信息，以更全面地解析新生RNA的表達特點，以及這些表達變化在全基因組范圍內的分布和調控特征。
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試劑盒鏈接：
TT-seq建庫試劑 http://www.yiammakeup.com/produce/standard/detail/3550.html?type_id=807-933
PRO-seq建庫試劑 http://www.yiammakeup.com/produce/standard/detail/3551.html?type_id=807-933
